- Các điều kiện nuôi cấy khảo sát gồm: nhiệt độ, tốc độ lắc/khuấy, nồng độ chất cảm ứng, thời gian thu mẫu sau cảm ứng, OD, lượng chất feed-back, pH và các thành phần môi trường đa, vi lượng hay những nguyên liệu rẻ tiền như đậu nành, rơm…
- Việc tối ưu hóa điều kiện và thành phần môi trường được thực hiện từng bước một hoặc sử dụng các phương pháp ma trận thống kê.
- Protein được thu nhận và tinh sạch dựa trên đặc điểm của protein và vector biểu hiện (nội bào, ngoại bào, gắn đuôi dung hợp…) bằng các phương pháp như: ly tâm, lọc, siêu lọc, HPLC, FPLC, sắc ký ái lực, sắc ký trao đổi ion… nhằm thu nhận với độ tinh sạch cao (>90%), đáp ứng được yêu cầu của lĩnh vực y dược, thực phẩm.
- Phân đoạn tinh sạch và độ tinh sạch của protein tái tổ hợp được xác định bằng SDS-PAGE.
- Đối với chủng chủ là E. coli, sản phẩm cần được loại bỏ endotoxin để có thể áp dụng trong y dược, thực phẩm. Ngược lại, khi chủng chủ là B. subtilis-một chủng chủ vi sinh vật an toàn (GRAS) được FDA công nhận, bước loại endotoxin có thể lược bỏ.
- Sau quá trình tinh chế, protein sẽ được lưu trữ trong buffer phù hợp nhằm đảm bảo hoạt tính, cấu trúc hay khả năng sinh đáp ứng miễn dịch. Protein thường được lưu trữ ở -80oC.